Tahap oksigen terlarut dalam system hidroponik perlu dikekalkan agar respirasi boleh dan kekal berlaku kepada akar tanaman.
Apabila tahap oksigen rendah di zon akar, akar tidak mengambil nutrien yang diperlukan untuk pertumbuhan." Tahap oksigen yang rendah menyebabkan peningkatan pengeluaran etilen dalam akar. Jika terdapat tahap etilena yang lebih tinggi di akar maka akar mula matang dan mati. Semakin banyak oksigen terlarut, semakin baik pengambilan nutrien dan lebih baik sistem akar.
Terdapat juga hubungan songsang antara tahap oksigen terlarut dan suhu larutan.
Sekiranya suhu zon akar adalah tinggi, tahap oksigen akan turun. Ini adalah satu lagi sebab mengapa suhu zon akar sangat penting. Tahap oksigen optimum harus lebih besar atau sama dengan 6 bahagian per juta (ppm) oksigen terlarut di zon akar. Tumbuh-tumbuhan sepatutnya dapat mengendalikan 6-10 ppm tanpa sebarang masalah.
Penanaman secara sistem teknik filem nutrien (NFT) biasanya tidak perlu melakukan apa-apa jenis pengudaraan. Pergerakan yang disebabkan oleh aliran air biasanya cukup untuk mengekalkan tahap oksigen yang cukup tinggi dan berkesan.
Bagi penanaman secar rakit terapung atau takung biasanya memasukkan beberapa jenis sistem penjanaan oksigen. Terdapat cara yang berbeza untuk mengoksigenkan air. Salah satu adalah air yang mengalir di mana air sedang dipam ke dalam air. Juga boleh mengunakan Air Pump (Air Bubble Stone Aerator).
Udara bukan oksigen tulen, tetapi ia mengandungi oksigen yang cukup untuk apa yang diperlukan dalam larutan hidroponik.
Sebab-sebab lain lagi untuk mengekalkan tahap oksigen yang tinggi dalam penanaman secara hidroponik adalah kesannya terhadap zoospores kulat patogen.
Sekiranya terdapat lebih banyak oksigen, maka zoospores tidak dapat membiak. Zoospores akan lebih aktif dalam keadaan kurang oksigen tetapi akan tidak aktif dan mati jika dalam keadaan akar yg sihat dan anerobik.
Zoospores-Patogen termasuk Phytophthora, Pythium, Thielaviopsis basicola dan Xanthomonas.
Pengemar penanaman secara hidroponik hendaklah berusaha untuk mengekalkan kadar terlarut oksigen dalam larutan tinggi. Terutama berada didalam keadaan suhu cucaca yang panas kerana akan menyebabkan kadar larut oksigen pada larut akan menurun. Apabila kadar larut oksigen rendah tanaman tidak akan membesar dengan baik dan mudah diserang penyakit.
